En 1971 escribió la valiente carta pastoral “Una Iglesia en el Amazonas en guerra contra el latifundio y la marginación social”, en la que denunciaba males muy actuales: el acaparamiento de las tierras, las crecientes desigualdades, el sufrimiento de las poblaciones locales. Puede ser considerado por lo tanto, un precursor de la sensibilidad que dio vida al reciente Sínodo del Amazonas.
Era un gran amigo del siervo de Dios, don Rodolfo Lunkenbein, SDB, con quien fundó y colaboró en el Consejo Indígena Misionero (CIMI). El 15 de julio de 1976 don Lunkenbein y el indio Simón fueron asesinados en la misión salesiana de Meruri y tres días después Mons. Casaldáliga escribió en el libro de pésame de Meruri: “El 15 de julio es una fecha histórica en la historia de la nueva Iglesia Misionera. Rodolfo y Simón son otros dos mártires, quebrados por el amor, de acuerdo a la palabra de Cristo: El indio ha dado la vida por el misionero. El misionero ha dado la vida por el indio. Para todos nosotros indios y misioneros, esta sangre de Meruri es un empeño y una esperanza. El indio tendrá la tierra, el indio será libre, la Iglesia será indígena”. Una síntesis de una historia de amor y de cruz, de sudor y de sangre, de fe y de coraje.
El Papa Francisco en su exhortación apostólica post-sinodal, Querida Amazonia, publicada el 12 de febrero de 2020, ha citado una de las poesías de Mons. Casaldáliga: “Flotan sombras de mi, maderas muertas. Pero la estrella nace sin reproche sobre las manos de este niño, expertas, que conquistan las aguas y la noche. Me ha de bastar que Tú me sabes entero, desde antes de mis días. (Carta de navegar - Pedro Casaldáliga)”, para subrayar que la “relación con Dios presente en el cosmos” debe volverse “siempre más una relación personal con un Tú que nos conoce y nos ama” (n. 73 di Querida Amazonia).
