Marcelo Farfán est né le 2 décembre 1963 à Cuenca, Azuay, fils de Miguel et Rebeca. Il a rencontré Don Bosco à l'Oratoire salésien de Marie Auxiliatrice de Cuenca et il a été invité à l'école orientaliste, l'école des aspirants à l’époque ; après avoir terminé ses études secondaires en 1981, il est entré au pré-noviciat.
Il a effectué son noviciat à Cumbayá en 1982 et il a émis sa première profession salésienne le 31 janvier 1983, suivie de sa profession perpétuelle, prononcée le 29 janvier 1989 à Quito ; il a été ordonné prêtre à Cuenca le 27 juin 1992.
Après son ordination, il a été affecté à la mission de Zumbahua comme Vicaire de la maison jusqu'en 1996, date à laquelle il a été envoyé à la communauté post-noviciat de Quito comme Économe jusqu'en 1998. En 1998, après avoir terminé le cours pour formateurs à Rome, il a été nommé Directeur du Post-noviciat, poste qu'il a occupé jusqu'en 2003. De 1997 à 2008, il a été Conseiller provincial pendant 11 années consécutives.
De 2003 à 2006, il a continué à servir comme formateur au post-noviciat et il a assumé la responsabilité de Vice-recteur de l'Université Polytechnique Salésienne de Quito. De 2006 à 2008, il a été à nouveau Directeur du post-noviciat.
En 2008, il a été choisi pour un premier mandat comme Supérieur de la Province d'Équateur, pour le sexennat 2008-2014. Après ce service, il est retourné au Post-noviciat en tant que Directeur, jusqu'en 2016, date à laquelle il a été appelé par le Recteur Majeur à rejoindre le Dicastère de la Pastorale des Jeunes de la Congrégation en tant que Coordinateur Général des Institutions Salésiennes d'Enseignement Supérieur (IUS), et il a occupé ce poste jusqu'en 2021.
Avant son retour dans sa Province d'origine, le Recteur Majeur lui a confié le mandat d'accomplir en son nom la Visite Extraordinaire à la Province « Espagne-Marie Auxiliatrice » (SMX), qu'il a effectuée au cours de l'année pastorale 2021-2022. À la fin de la visite, il est retourné dans la Province et a été nommé Directeur du Post-noviciat international de Quito. Mais quelques mois après le début de cette responsabilité, le Recteur Majeur l'a appelé à reprendre le service de Provincial de l'Équateur.
En plus des études philosophiques et théologiques accomplis au cours de sa formation, le P. Farfán est également titulaire d'un diplôme en Sciences de l'Éducation et d'un Doctorat en théologie.
