Le 29 août 1920 était un dimanche. Vers 8 heures du matin, immédiatement après la Messe festive dans la chapelle de la communauté de Palmeiras, Mato Grosso, un groupe d’une quarantaine d’hommes armés est pénétré dans la cour de la maison salésienne en prenant tout le monde en otage : il y avait quatre Salésiens, dont le P. Thannhuber, Directeur de la communauté, un collaborateur et un géomètre invité des Salésiens. Pendant une grande partie de la journée, ils ont été menacés par des armes à feu. Vers 4 heures de l’après-midi, le chef des assaillants, nommé Tobias, a ordonné à tout le monde de commencer à marcher sur la route de Cuiabá, à 100 km de cet endroit. Mais le trajet a été court, à peine quelques minutes. Leurs pas ont été interrompus par des coups de feu et, après avoir reçu une balle dans la nuque, le P. Thannhuber gisait ensanglanté au sol, selon la description du P. Jean-Baptiste Duroure, historien salésien. Profitant de la confusion, les Salésiens se sont enfuis dans la brousse et le lendemain matin, à huit heures, après avoir marché toute la nuit, ils sont arrivés à Coxipó, où ils ont partagé la triste nouvelle.
Les véritables raisons de cette action criminelle sont encore inconnues aujourd’hui, mais les principaux suspects gravitent autour de disputes sur la délimitation du territoire.
Tout cela pourrait n’être que la simple description d’un crime abominable, mais il acquiert des contours surnaturels face à la prophétie du Bienheureux Michel Rua, successeur de Don Bosco à la tête de la Congrégation salésienne.
Lorsque José Thannhuber était encore abbé et étudiant en philosophie, il était allé saluer le Recteur Majeur d’alors, avec le groupe affecté aux missions en 1902 : Don Rua, en plus des recommandations habituelles, esquissait le futur champ de travail de chacun, prophétisant le grand bien qu’il aurait fait. Mais quand ce fut le tour de l’abbé Thannhuber, le P. Rua est resté silencieux : et comme l’abbé insistait pour qu’il lui dise quelques mots sur son avenir, le Supérieur, presque contre sa volonté, n’a répondu que : « Demain, demain. » Thannhuber ne s’est pas découragé, il a attendu avec impatience et le lendemain il s’est présenté à nouveau. Et Don Rua, avec un esprit contrit et le regardant doucement, après quelques instants lui a dit : « Eh bien, prépare-toi pour le martyre. »
Le P. Thannhuber a été le premier Salésien à verser son sang sur les terres du Mato Grosso. Trois autres missionnaires et un catéchiste autochtone ont ensuite fécondé ces terres avec le don de leur vie : le P. João Fuchs et le P. Pedro Sacilotti (1934) et les Serviteurs de Dieu, le P. Rodolfo Lunkenbein et l’autochtone Simão Bororo (1976).