Héctor Vargas Bastidas urodził się 29 grudnia 1951 r. w chilijskim mieście Valdivia jako syn José i Maximiliany; miał trójkę rodzeństwa. Uczęszczał do salezjańskiej szkoły w swoim mieście rodzinnym, po czym odbył formację jako salezjanin Księdza Bosko.
Pierwsze śluby złożył 2 lipca 1972 r., a wieczyste – 11 czerwca 1978 roku. Święcenia kapłańskie przyjął 5 lipca 1980 r. z rąk bpa Tomása Gonzáleza, emerytowanego biskupa Punta Arenas.
Jako salezjanin służył w różnych dziełach salezjańskich: w Puerto Porvenir, Punta Arenas, Talca, Santiago i La Cisterna. Był formatorem i wykładowcą w Lo Cañas oraz dyrektorem wspólnoty w Linares i salezjańskiej szkoły w mieście Alameda. Pełnił również funkcję delegata inspektorialnego ds. duszpasterstwa młodzieży, radcy ds. Salezjańskiego Ruchu Młodzieżowego i animatora ruchów duszpasterstwa rodzin.
Był także profesorem państwowym, ukończył Papieski Uniwersytet Katolicki w Chile, gdzie studiował filozofię i teologię. Otrzymał także stopień magistra z nauk o wychowaniu na Papieskim Uniwersytecie Salezjańskim w Rzymie.
Pełnił funkcję doradcy ds. krajów Ameryki-Stożka Południowego Konfederacji Edukacji Katolickiej Interameryki (CIEC) i przedstawiciela Światowego Biura Edukacji Katolickiej (OIEC) przy Komisji Gospodarcej ONZ dla Ameryki Łacińskiej (ECLAC).
Przez siedem lat był prezesem Federacji Instytucji Edukacji Specjalnej (FIDE), a także członkiem Krajowej Rady ds. Certyfikacji Zarządzania Szkolnego “Fundación Chile”.
Papież Jan Paweł II mianował go biskupem San Marcos de Arica w dniu 25 listopada 2003 r., a sakrę biskupią otrzymał 4 stycznia 2004 roku. Jego dewizą biskupią było: “Testimonio de Cristo pastor”.
Jest autorem wielu publikacji i dwóch listów duszpasterskich: o Synodzie i Ojcu Hurtado oraz o Statutach Parafii, Dekanatów i miesięcznych Zgromadzeniach Diecezjalnych.
Wybrano go również na przewodniczącego “Sekcji Edukacyjnej” i przewodniczącego “Sekcji Kościelnej” przy Konferencji Episkopatu Chile, a także był delegatem Chile na V Konferencji Episkopatu Ameryki Łacińskiej, która odbyła się w mieście Aparecida, w Brazylii.
6 czerwca 2013 r. został biskupem diecezji Temuco.
