Marcelo Farfán nasceu em 2 de dezembro de 1963 em Cuenca, Azuay, filho de Miguel e Rebeca. Conheceu Dom Bosco no Oratório Salesiano de Maria Auxiliadora de Cuenca e foi convidado para a escola orientalista, que na época era a escola para aspirantes. Após terminar o ensino médio, em 1981, entrou no pré-noviciado.
Fez o noviciado em Cumbayá em 1982 e emitiu a primeira profissão salesiana em 31 de janeiro de 1983, seguida pela profissão perpétua, pronunciada em 29 de janeiro de 1989 em Quito. Foi ordenado sacerdote em Cuenca, em 27 de junho de 1992.
Após a ordenação, foi destinado à missão de Zumbahua, como vigário, até 1996, quando foi enviado à comunidade do pós-noviciado de Quito como Ecônomo, cargo que exerceu até 1998. Em 1998, após concluir o curso para formadores em Roma, foi nomeado Diretor do Pós-noviciado, cargo que ocupou até 2003. Também foi Conselheiro inspetorial por 11 anos consecutivos, de 1997 a 2008.
De 2003 a 2006, continuou a servir no pós-noviciado como formador e assumiu a responsabilidade de Vice-reitor da Universidade Politécnica Salesiana de Quito. De 2006 a 2008 foi novamente Diretor do pós-noviciado.
Em 2008, foi eleito para um primeiro mandato como Superior da Inspetoria do Equador, para o sexênio 2008-2014. Após este serviço, voltou novamente ao pós-noviciado como Diretor, cargo que exerceu até 2016, quando foi chamado pelo Reitor-Mor para integrar o Dicastério de Pastoral Juvenil da Congregação, como Coordenador Geral das Instituições Salesianas de Ensino Superior (IUS), cargo que ocupou até 2021.
Antes de retornar à sua Inspetoria de origem, o Reitor-Mor lhe incumbiu-o de representá-lo na Visita Extraordinária à Inspetoria “Espanha-Maria Auxiliadora” (SMX), no ano pastoral de 2021- 2022. Terminada a visita, ele retornou à sua Inspetoria e foi nomeado Diretor do Pós-noviciado Internacional de Quito. Todavia, poucos meses após o início desta função, o Reitor-Mor o chamou para retomar o serviço de Inspetor do Equador.
Além dos estudos filosóficos e teológicos realizados durante a sua formação, o P. Farfán é também licenciado em Ciências da Educação e possui doutorado em Teologia.
